בדיקות Guardant360 CDx ו-Foundationone liquid CDx

הדפס

מדריך בדיקות מעבדה
בדיקות Guardant360 CDx ו-FoundationOne Liquid CDx
שמות אחרים	בדיקת גארדנט 360
מעבדה	ביולוגיה מולקולרית-אונקולוגית
תחום	בדיקה של מוטציות ב-DNA של תאים סרטניים המופרש לדם
יוצר הערך	פרופ' בן-עמי סלע

לערכים נוספים הקשורים לנושא זה, ראו את דפי הפירושים: – איתור ומניעת מחלות ממאירות, בדיקות גנטיות

מטרות הבדיקה

בדיקת הביופסיה הנוזלית מסוגלת לאתר חלקי דנ"א או תאים סרטניים שמפריש הגידול הסרטני אל תוך הדם. התקווה בקהילה הרפואית היא שהבדיקה תביא לשינוי מוחלט של דרך הטיפול בסרטן - באמצעים לא פולשניים. כך, לפחות בשלב הביופסיה, המטופל שהתגלה אצלו גידול לא יהיה חייב לעבור ניתוח כדי לקבל את האבחנה הרפואית המדויקת שלו. בעזרת הבדיקה, רופאים יוכלו לבחור את התרופות המיועדות ספציפית למטען הגנטי של הגידול, וכך יוכלו לטפל בגידול ביעילות. דוגמה לבדיקה כזו היא Foundation ACT, המאפשרת מיפוי של עשרות גנים ומוטציות וכל זאת בבדיקת דם אחת. הפרדת מקטעי הדנ"א מהדם היא התהליך החשוב ביותר בבדיקה, והיא נעשית תחת תנאים אופטימליים שיבטיחו עיבוד נכון של דגימת הדם שנלקחה.

בדיקת ה"ביופסיה הנוזלית" מאפשרת להתאים טיפול ממוקד למוטציות השונות שאותרו מבלי שהמטופל יאלץ לעבור ביופסיות פולשניות חוזרות מהגידול עצמו. באמצעות בדיקה מוקדמת במעבדה, ניתן לזהות מראש אלו תרופות כימותרפיות, ביולוגיות או אימונותרפיה, הן בעלות השפעה מקסימלית על תאי הגידול האישיים, וכך להשיג טיפול מדויק ויעיל יותר. במקביל, חוסכים שימוש בתרופות שאינן יעילות המאפשרות למחלה להתפשט, ונמנעים מהתדרדרות הגוף עקב רעילות של טיפולים שאינם יעילים. הבדיקה אינה פולשנית והיא מבוססת על שיטה של ביופסיה נוזלית. טכנולוגיה מתקדמת לאיתור תאי סרטן שהתנתקו מהגידול המקורי לזרם הדם, ועלולים להתפתח לגרורות.

הנחיות של שגרה קלינית המגיעים ממספר גופים רפואיים מובילים כגון:

• ה-American Society of Clinical Oncology ‏(ASCO)
• ה-National Comprehensive Cancer Network‏ (NCCN)
• ה-International Association for the study of Lung Cancer ‏(IASLC)
• ה-Association of Clinical Pathologists‏ (ACP)

כל אלו תומכים בטסט גנומי-סומטי במטופלים שאובחנו זה עתה עם NLCLC (Lindeman וחב' ב-J Thorac Oncol משנת 2018 ו-Hanna וחב' ב-J Clin Oncol משנת 2017). קיים קונצנזוס ששינויים במספר גנים (שמספרם יכול להגיע ל-7), צריכים להיבחן על מנת לזהות נבדקים שעשויים להפיק רווח מטיפולים המאושרים על ידי ה-FDA או מתרפיות מכוונות מבטיחות הזמינות לאחר ניסויים קליניים. קיימים שמונה סמנים המומלצים בהנחיות העדכניות הכוללים מוטציות ב-EGFR וב-ERBB2, ב-HER2, מוטציה V600E ב-BRAF, וכן fusions ב-ALK, ב-RET וב-ROS1, אמפליפיקציה ב-MET ו-skipping variants באקסון 14 של MET. הנחיות לשגרה קלינית ממשיכות להתרחב עם הגרסה החדשה (v03.2019) של NCCN, התומכת בהערכה של סמן תשיעי, fusions ב-NTRK. זיהוי של מטופל עם NSCLC עם מוטציה המשפעלת את KRAS, נושא מידע לא רק בהיבט האבחוני של המחלה, אלא גם בזיהוי של מטופלים בהם כימותרפיה או טיפול במעכב של immune checkpoint (להלן ICPi) עשויים להוות גישה טיפולית מבטיחה.

בדיקת Guardant360 CDx מאושרת על ידי ה-FDA לקבלת פרופיל המוטציות בגידול נתון, מה שידוע כ-comprehensive genomic profiling (להלן CGP), לגבי כל הגידולים הסולידיים, ובעיקר לסייע בזיהוי של מטופלים עם NSCLC שעשויים להפיק תועלת מטיפולים עם osimertinib (שם מותג Tagrisso), amivantamab (שם מותג RYBREVANT) או sotorasib (שם מותג LUMAKRAS) מרגע קבלת האישור של ה-FDA, בדיקת Guardant360 התקבלה בהיענות ניכרת מצד קלינאים וחוקרים במה שמתבטא בלמעלה מ-200 פרסומים מבוקרים, וזכתה להכרה והוקרה מצידם של למעלה מ-9,000 אונקולוגים, ואף לתמיכה של Medicare וחברות ביטוחי בריאות שונות, המייצגים ביחד כ-200 מיליון מבוטחים. בדיקה זו כבר זכתה להכרה על ידי קבוצת Synlab האירופית, סמכות אירופית נחשבת בתחום בדיקות המעבדה. טכנולוגיית Guardant360 היא “הביופסיה הנוזלית” הראשונה שזכתה לאישור רגולציית המעבדות האמריקאיות (CLIA). פרסומים קליניים בסוגי סרטן שונים לאחר מגוון טיפולים, הראו ש-Guardant360 Response test יכול לנבא הצלחה או כישלון של טיפול 8 שבועות לפני שמתקבלת תגובה ראויה על תוצאות טיפולים, בשיטות המקובלות של רדיולוגיה או הדמיה (Raja וחב' ב-Clin Cancer Res משנת 2018, Aggarwal וחב' ב-J Clin Oncol משנת 2019, Kim וחב ב-Nature Med משנת 2019, Shaw וחב' ב-J Clin Oncol משנת 2019, Pascual וחב' ב-Cancer Res משנת 2021, Mack וחב' ב-J Clin Oncol משנת 2020, Maron וחב' באותו כתב-עת מאותה שנה, Modi וחב' באותו כתב-עת מאותה שנה, Zhang וחב' ב-Cancer Discov משנת 2020, ו-Thompson וחב' ב- JCO Precis משנת 2021).

בשנת 2019, שתי בדיקות דם זכו לאישור ה-FDA לשימוש לצורך גילוי מוקדם של סרטן במה שמוגדר כ"ביופסיה נוזלית" שעיקרן זיהוי של מוטציות סרטניות ללא צורך בביצוע של ביופסיה חודרנית מהגידול עצמו. שינויים גנטיים המזוהים בשיטה החדשה מסתייעים על ידי סריקה של DNA המופרש מהתאים הסרטניים לתוך הדם. שתי השיטות האמורות, Guardant360 CDx ו-FoundationOne Liquid CDx פותחו על ידי 2 חברות שונות, וקיבלו את אישור FDA בנפרד. אונקולוגים נהגו לבסס באופן מסורתי את החלטותיהם לגבי הטיפול, על נטילת ביופסיות מהאיבר עם גידול ראשוני מקומי או מגרורות של אותו גידול באיברים שונים. חלק מהתרפיות המוגדרות כ"תרפיות מכוונות מטרה" (targeted therapies) לא כל שכן האימונו-תרפיות, פועלות באופן היעיל ביותר כנגד גידולים סרטניים בהם חלו שינויים גנטיים ספציפיים. עם הופעתן של שתי שיטות הביופסיה הנוזלית, מתאפשר לקלינאים לדעת האם התרפיה הספציפית בה הם נוקטים תהיה יעילה בכל מקרה של מאובחן במחלה סרטנית. מדובר בעידן חדש בו האנליזה של השינויים הגנטיים בגידול הסרטני, זוכים לכינויים כגון הפרופיל הגנטי, הפרופיל הגנומי או ריצוף הגידול. בשיטת Guardant360 CDx המקורית נסקרו מוטציות ב-74 גנים (בהם הגנים המומלצים במקרים של NSCLC שהם: ALK, ROS1, BRAF, MET, RET, NTRK, ו-ERBB2‏ (HER2).

שתי השיטות החדשות, Guardant360 CDx ו-FoundationOne Liquid CDx מאושרות לשימוש במטופלים עם כל גידול סולידי כגון סרטן השד, הריאות או הערמונית, אך אינן ראויות לשימוש במקרים של סרטנים המטולוגיים. בעוד שבעבר אישר FDA בדיקות דם אחרות שזיהו מוטציה יחידה ב-DNA הסרטני, שתי השיטות החדשות הן הראשונות המזהות מספר גדול של שינויים גנטיים הקשורים לגידול. על פי חברה Guardant Health מקליפורניה שפיתחה את שיטת Guardant360 CDx, למעלה מ-40 מחקרים הדגימו שנבדקים עם רמות הולכות וקטנות של ctDNA היו קשורות להישרדות משמעותית גבוהה יותר, וממצא זה תופס כחלק ממעקב לאחר טיפולים תרופתיים, כימותרפיים ואימונו-תרפיים, בסוגי סרטן שונים כגון סרטן המעי הגס, השד, שלפוחית השתן ו-NSCLC.

ייעודן של בדיקות "ביופסיה נוזלית" שונות

• בדיקת Guardant360 CDx - מיועדת בעיקר לאבחוןNSCLC, כאשר השינויים הגנטיים הם שמטים (deletions) באקסון 19 של EGFR, ומוטציות נקודתיות L858R ו-T790M. התרופה המתאימה osimertinib
• בדיקת FoundationOne Liquid CDx - מיועדת בעיקר לאבחון NSCLC, כאשר השינויים הגנטיים שמטים באקסון 19 של EGFR, ומוטציה נקודתית L858R. התרופות המתאימות osimertinib ,gefitinib ו-erlotinib
• בדיקת FoundationOne Liquid CDx - מיועדת לאבחון סרטן הערמונית, כאשר השינויים הם ב-BRCA1 ו-BRCA2. התרופה המתאימה rucaparib

לדוגמה, בדיקת FoundationOne Liquid CDx בודקת את המאפיין הגנטי הידוע כ-microsatellite .instability התרופה pembrolizumab (שם מותג Keytruda) אושרה לטיפול באלה עם מאפיין זה, ללא קשר למיקום של הגידול הראשוני בגוף. כפי שצוין, בדיקת Guardant360 CDx בוחנת שינויים בלמעלה מ-70 גנים שונים, בעוד שבדיקת FoundationOne Liquid CDx יכולה לזהות שינויים בלמעלה מ-300 גנים, כמו גם במאפיינים גנטיים אחרים שגורמים לגידולים להיות רגישים יותר לאימונו-תרפיות מסוימות.

מי אמור לעבור בדיקת-דם על מנת לקבל את הפרופיל הגנטי של הגידול?
בדיקה זו מומלצת למטופלים בשלבי מחלה מוקדמים, או לחלופין לאלה עם מחלה גרורתית שלא נותרו להם חלופות טיפוליות. אף על פי ששתי הבדיקות האחרונות מומלצות לחולים עם גידולים סולידיים יש לעיתים מצבים בהם הנגישות לגידול מוגבלת בגלל מיקומם, בריאות או במוח לדוגמה. במקרים אלה הביופסיה הנוזלית היא פתרון הולם. יש גם מצבים בהם ביצוע ביופסיה מהגידול לא בטיחותית כמו כאשר המטופל נוטל מדללי דם, כאשר רקמת הגידול צנועה בממדיה, או כאשר המטופל במצב גופני קשה המונע ביופסיה. אך גם בביצוע ביופסיה נוזלית יש לעיתים מגבלות, כגון מצבים בהם הגידול אינו מפריש לדם כמות מספקת של DNA.

בשונה מטכנולוגיות ctDNA אחרות, Guardant360 CDx מסוגלת לאתר באופן סימולטני את כל סוגי המוטציות המומלצים בהנחיות באמצעות בדיקה אחת בלבד. Guardant360 היא הבדיקה היחידה שמרצפת באופן מלא 70 גנים ומצליחה לאתר מוטציות מכל ארבעת הסוגים האפשריים: מוטציות נקודתיות, חסרים (deletions) ותוספות (insertions) של קטעי גנים, שיכפול גנים ואיחויים (fusions) בין גנים. הריצוף המלא הוא ברמת רגישות גבוהה של 0.1%, דהיינו זיהוי המוטציה גם אם מצויה במולקולה אחת מתוך 10,000) מוליד פרופיל גנומי מדויק של הגידול בכל שלבי הטיפולים ברמת דיוק ורגישות של עד 99.99%, ומאפשר איתור של מוטציות נדירות אשר בדיקות ctDNA אחרות עלולות להחמיץ.

רשימת הגנים והמוטציות בהם המתגלות בשיטת Guardant360 CDx

Gene: AKT1 (14q32.33); Gene: ALK (2p23.2-23.1); Gene: APC (5q22.2); Gene: AR (Xq12); Gene: ARAF (Xp11.3); Gene: ARID1A (1p36.11); Gene: ATM (11q22.3); Gene: BRAF (7q34); Gene: BRCA1 (17q21.31); Gene: BRCA2 (13q13.1); Gene: CCND1 (11q13.3); Gene: CCND2 (12p13.32); Gene: CCNE1 (19q12); Gene: CDH1 (16q22.1); Gene: CDK12 (17q12); Gene: CDK4 (12q14.1); Gene: CDK6 (7q21.2); Gene: CDKN2A (9p21.3); Gene: CHEK2 (22q12.1); Gene: CTNNB1 (3p22.1); Gene: DDR2 (1q23.3); Gene: EGFR (7p11.2); Gene: ERBB2 (17q12); Gene: ESR1 (6q25.1-25.2); Gene: EZH2 (7q36.1); Gene: FANCA (16q24.3); Gene: FBXW7 (4q31.3); Gene: FGFR1; (8p11.23); Gene: FGFR2 (10q26.13); Gene: FGFR3 (4p16.3); Gene: GATA3 (10p14); Gene: GNA11 (19p13.3); Gene: GNAQ (9q21.2); Gene: GNAS (20q13.32); Gene: HNF1A (12q24.31); Gene: HRAS (11p15.5); Gene: IDH1 (2q34); Gene: IDH2 (15q26.1); Gene: JAK2 (9p24.1); Gene: JAK3 (19p13.11); Gene: KEAP1 (19p13.2); Gene: KIT (4q12); Gene: KRAS (12p12.1); Gene: MAP2K1 (15q22.31); Gene: MAP2K2 (19p13.3); Gene: MAPK1 (22q11.22); Gene: MAPK3 (16p11.2); Gene: MET (7q31.2); Gene: MLH1 (3p22.2); Gene: MPL (1p34.2); Gene: MSH2 (2p21-16.3); Gene: MSH6 (2p16.3); Gene: MTOR (1p36.22); Gene: MYC (8q24.21); Gene: NF1 (17q11.2); Gene: NFE2L2 (2q31.2); Gene: NOTCH1 (9q34.3); Gene: NPM1 (5q35.1); Gene: NRAS (1p13.2); Gene: NTRK1 (1q23.1); Gene: NTRK2 (9q21.33); Gene: NTRK3 (15q25.3); Gene: PALB2 (16p12.2); Gene: PDGFRA (4q12); Gene: PIK3CA (3q26.32); Gene: PMS2 (7p22.1); Gene: PTEN (10q23.31); Gene: PTPN11 (12q24.13); Gene: RAD51D (17q12); Gene: RAF1 (3p25.2); Gene: RB1 (13q14.2) Gene: RET (10q11.21); Gene: RHEB (7q36.1); Gene: RHOA (3p21.31); Gene: RIT1 (1q22); Gene: ROS1 (6q22.1); Gene: SMAD4 (18q21.2); Gene: SMO (7q32.1); Gene: STK11 (19p13.3); Gene: TERT (5p15.33); Gene: TP53 (17p13.1); Gene: TSC1 (9q34.13); Gene: VHL (3p25.3).

בדיקת LUNAR-2 נועדה לגלות סרטן בשלבים מוקדמים בנבדקים א-תסמיניים בנטילת מנת דם ורידי פשוטה. בדיקה זו הוכחה כבעלת רגישות וספציפיות גבוהות לגילוי סרטן המעי הגס והחלחולת (להלן CRC) על ידי תִּשְׁאוּל וחקירה של שינויים גנומיים, מתילציה, ואיתותים פרגמנטומיים מ-DNA של תאי סרטן בצירקולציה (להלן ctDNA) (Kim וחב' ב-AACR Annual Meeting 2019) הכללה של "טביעת אצבע" ביולוגית אפיגנומית רלוונטית קריטית להגברת הרגישות לגילוי סרטן מעי הגס בשלביו המוקדמים (Westesson וחב' ב-Cancer Res משנת 2020), או לגילוי סרטן מעי גס שארי מינימלי (minimal residual disease) לאחר ניתוח או טיפולים תרופתיים (Reinert וחב' ב-JAMA Oncol משנת 2019, Tie וחב' ב- Sci Transl Med משנת 2016, Tie וחב' ב-JAMA Oncol משנת 2019, Peng וחב' ב-J Clin Oncol משנת 2020, Tarazona וחב' ב-Ann Oncol משנת 2019, Reece וחב' ב-Front Genet משנת 2019, ו-Parikh וחב' ב- Clin Cancer Res משנת 2021).

בדיקות נלוות נוספות שניתן לבצע במקביל לבדיקת Guardant360 CDx הן Guardant360 TissueNext או בדיקת Guardant Reveal, המגלה רקמה סרטנית שארית או נשנית במטופלים עם סרטן המעי הגס. בדיקת Guardant OMNI שהוכנסה לשימוש בשנת 2017 למטרות מחקר, מיועדת לשמש ככלי במסגרת פיתוח שיטות אימונו-אונקולוגיות ו-targeted therapy. פאנל של 500 גנים נסרק בשיטה זו, הכולל את הרוב המכריע של הגנים המוערכים לצורך מעקב אחר תוצאות טיפול בתרופות אנטי-סרטניות.

הוראות לביצוע הבדיקה

אין צורך בצום לפני נטילת הדם לצורך הבדיקה. הוריות-נגד לבדיקה זו למטופלים במהלך טיפולים כימותרפיים או טיפולי הקרנות. אם מטופל עבר לאחרונה ביופסיה מהגידול, יש להמתין לפחות שבועיים עד נטילת דגימת דם לצורך בדיקת הביופסיה הנוזלית. הבדיקה אינה מיועדת לממאירויות המטולוגיות, או לגידולים סולידיים בשלביהם המוקדמים (Stage I-II).

הבדיקה מתבצעת בשיטת digital sequencing.

ראו גם

• חזרה לדף מדריך בדיקות מעבדה
• בדיקות מעבדה - סמנים סרטניים

המידע שבדף זה נכתב על ידי פרופ' בן-עמי סלע, המכון לכימיה פתולוגית, מרכז רפואי שיבא, תל-שומר;
החוג לגנטיקה מולקולארית וביוכימיה, פקולטה לרפואה, אוניברסיטת תל-אביב (יוצר הערך)